植物转录因子怎么研究，如何通过实验确定各转录因子的功能
来源：整理 编辑：八论文 2023-04-14 04:41:40
1，如何通过实验确定各转录因子的功能
2，什么是转录因子说明他们在植物发育中的作用
能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质，活化后从胞质转位至胞核，通过识别和结合基因启动子区的顺式作用元件,启动和调控基因表达
3，切取昆虫的荧光素酶基因用某种方法将此基因转移到植物中从而使
luciferase报告基因系统是以荧光素(luciferin)为底物来检测萤火虫荧光素酶(fireflyluciferase)活性的一种报告系统。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中，会发出生物荧光(bioluminescence)。然后可以通过荧光测定仪也称化学发光仪(luminometer)或液闪测定仪测定luciferin氧化过程中释放的生物荧光。荧光素和荧光素酶这一生物发光体系，可以极其灵敏、高效地检测基因的表达。是检测转录因子与目的基因启动子区dna相互作用的一种检测方法。答案D将动物的某种基因转移到植物细胞中，属于转基因技术的应用。
4，请教如何研究一个转录因子对目的基因的调控
在研究过程中我发现在Min6细胞（beta细胞来源的肿瘤细胞）和肝细胞中高表达一种beta细胞特异性的转录因子（后简称X）后可以显著的提高Glut-2基因的转录水平。目前X对Glut-2基因有调控作用似乎并未见报道。但是现在还不能确定这种作用是直接的还是间接的。应该如何设计实验进行研究呢？恳请高人指点。恳请大家多多指教！1.是不是先要确定X和Glut-2是能够结合的呢？这才是这个转录因子调控这个基因的直接证据啊实验方法有EMSA和ChIP2.证实了有结合，再用荧光素酶报告基因的方法来明确X究竟是结合在哪个位置你说的这个基因(人)的在1.双荧光报告实验! 2.敲低转录因子基因,靶基因表达下调! 3.设计转录因子结合区突变体, gel-shifting实验!
5，有什么实验可以研究目的蛋白是否受转录因子调控
只要怀疑基因(A)受某些转录因子(X, Y, Z, ....)调控, 不管是一个还是多个, 一般都要做下面的实验, 以X为例子:对表达的影响: 建立可诱导的系统, 使得X的活力能够受人为控制, 然后用RT-PCR追踪A的表达相应有什么变化确定了这一点, 接下来是看是否直接有调控:建立ChIP系统, 并用它验证是否X可以直接和A的启动子区域结合, 相应的, 可以做EMSA和 启动子突变实验从侧面辅助证实ChIP结果.接下来,如果你有好几个转录因子备选, 那么你还需要IP, 可以是in vitro的, 比如Y2H, GST pull-down, 也可以是in vivo的, 比如Co-IP, BiFC, FRET等等.最后, 你可以考虑Sequential ChIP, 验证X, Y是否同时结合A基金的启动子.如何实验证明某一蛋白影响某一转录因子怎么证明一个蛋白是转录因子从你的描述来看，是要做功能研究。有这样几个思路：第一，先分析该蛋白的氨基酸序列，看有无dna结合区。和其他的转录因子有无功能同源区。第二，证实该蛋白有转录活性。分别overexpress或者silence后，做差减pcr，筛查下游基因。第三，证实该蛋白有dna结合能力。找到下游基因，或者发现同源转录因子后，做gel shift 实验。
6，转录因子的特征是什么都有哪些家族
转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子，也称为反式作用因子。植物中的转录因子分为二种，一种是非特异性转录因子，它们非选择性地调控基因的转录表达，如大麦 (Hordeum vulgare) 中的HvCBF2 (C-repeat/DRE binding factor 2) (Xue et al., 2003)。还有一种称为特异型转录因子，它们能够选择性调控某种或某些基因的转录表达。典型的转录因子含有DNA结合区 (DNA-binding domain)、转录调控区 (activation domain)、寡聚化位点(oligomerization site) 以及核定位信号 (nuclear localization signal) 等功能区域。这些功能区域决定转录因子的功能和特性 (Liu et al., 1999)。DNA结合区带共性的结构主要有：1）HTH 和 HLH 结构：由两段α-螺旋夹一段β-折叠构成，α-螺旋与β-折叠之间通过β-转角或成环连接，即螺旋-转角-螺旋结构和螺旋-环-螺旋结构。2）锌指结构： 多见于 TFIII A 和类固醇激素受体中，由一段富含半胱氨酸的多肽链构成。每四个半光氨酸残基或组氨酸残基螯合一分子 Zn2+ ，其余约 12-13 个残基则呈指样突出，刚好能嵌入 DNA 双螺旋的大沟中而与之相结合。3）亮氨酸拉链结构：多见于真核生物 DNA 结合蛋白的 C 端，与癌基因表达调控有关。由两段α - 螺旋平行排列构成，其α - 螺旋中存在每隔 7 个残基规律性排列的亮氨酸残基，亮氨酸侧链交替排列而呈拉链状，两条肽链呈钳状与 DNA 相结合。
同一家族的转录因子之间的区别主要在转录调控区。转录调控区包括转录激活区 (transcription activation domain) 和转录抑制区 (transcription repression domain) 二种。近年来，转录的激活区被深入研究。它们一般包含DNA结合区之外的30-100个氨基酸残基，有时一个转录因子包含不止一个转录激活区。如控制植物储藏蛋白基因表达的VP1和PvALF转录因子，它们的N-末端酸性氨基酸保守序列都具有转录激活能力，与酵母转录因子GCN4和病毒转录因子的VP16的酸性氨基酸转录激活区有较高同源性 (Bobb et al., 1996)。典型的植物转录因子激活区一般富含酸性氨基酸、脯氨酸或谷氨酰胺等，如GBF (G-box binding factor) 含有的GCB盒 (GBF conserved box) 激活结构域 (lunwen114 and Bevan, 1998)。
转录抑制区也是转录因子调控表达的重要位点，但是对其作用机理研究尚不深入。可能的作用方式有三种：1）与启动子的调控位点结合，阻止其它转录因子的结合；2）作用于其它转录因子，抑制其它因子的作用；3）通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。
转录因子必须在核内作用，才能起到调控表达的目的。因此，转录因子上的核定位序列是其重要的组成部分。一般一个或多个核定位序列在转录因子中不规则分布，同时也存在不含核定位序列的转录因子，它们通过结合到其它转录因子上进入细胞核。核定位序列一般是转录因子中富含精氨酸和赖氨酸残基的区段。目前，水稻中的GT-2、西红柿中的HSFA1-2、玉米的O2和碗豆的PS-IAA4和6等转录因子中的核定位序列都已被鉴定 (Boulikas, 1994; Dehesh et al., 1995; Lyck et al., 1997; Varagona et al., 1992; Abel and Theologis, 1995)。
绝大多数转录因子结合 DNA前需通过蛋白质-蛋白质相互作用形成二聚体或多聚体。所谓二聚体化就是指两分子单体通过一定的结构域结合成二聚体，它是转录因子结合DNA时最常见的形式。由同种分子形成的二聚体称同二聚体，异种分子间形成的二聚体称异二聚体。这种多聚体的形成是转录因子上的寡聚化位点 (oligomerization site) 相互作用的结果，寡聚化位点的氨基酸序列很保守，大多与DNA结合区相连并形成一定的空间构象。除二聚化或多聚化反应，还有一些调节蛋白不能直接结合DNA，而是通过蛋白质－蛋白质相互作用间接结合DNA，调节基因转录，这样就形成了一个表达调控的复合物。
转录因子的作用是通过和顺式因子的互作来实现的。这段序列可以和转录因子的DNA结合域实现共价结合，从而对基因的表达起抑制或增强的作用。
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